Giáo sư Phan Đại Doãn tuổi Bính Tý, sinh ngày 18 tháng 11 năm 1936 tại xã Diễn Quảng, huyện Diễn Châu, tỉnh Nghệ An. Theo lời ông kể thì gia đình ông không thuộc diện nghèo, nhưng làng ông - hay cả vùng quê ông thì nghèo lắm. Cả tuổi thơ ông sống với bạn bè cùng trang lứa, phần lớn là con nhà nghèo, nên tâm hồn ông sớm cảm thông và sẻ chia, và có lẽ từ trong sâu thẳm đó mà sau này, khi đã trở thành cán bộ giảng dạy đại học, cùng là cái nghèo cái khó thời bao cấp, nhưng ông vẫn sẵn sàng chia cho học trò đến bơ gạo, đồng xu cuối cùng. Ký ức tuổi thơ về một vùng quê nghèo cứ bám đuổi ông, để sau này ông viết những dòng thật cảm động trong lời mở đầu cuốn sách Làng Việt Nam một số vấn đề kinh tế - xã hội.

Năm 1956, học hết cấp III, ông trở thành sinh viên khóa đầu tiên của Khoa Lịch sử, Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội. Năm 1959, tốt nghiệp xuất sắc, ông được giữ lại làm cán bộ giảng dạy của Bộ môn Lịch sử Việt Nam cổ trung đại. Từ đây, bắt đầu một cuộc phấn đấu không mệt mỏi của ông cho đến lúc nghỉ hưu: để làm nhà khoa học, để làm nhà giáo - làm thầy hơn bốn mươi năm (1959-2003). Gần một nửa thế kỷ, ông dường như đã nếm trải đủ mọi cay đắng ngọt bùi, đủ mọi được mất hơn thiệt đời người. Trong nhân gian, mỗi người mỗi vẻ, mỗi người một quan niệm. Chỉ biết rằng ông đã hết mình cho cuộc nhân gian đó, để xứng danh với tên gọi thật giản dị: nhà khoa học - nhà giáo Phan Đại Doãn.

Giáo sư, Nhà giáo Nhân dân Phan Đại Doãn tại nhà riêng năm 2012/Ảnh: Thành Long

Ông là nhà khoa học góp phần thúc đẩy và tạo nên sự phát triển vượt bậc của môn học về làng xã Việt Nam ở trong nước và nhiều nước trên thế giới, tính từ đầu những năm 90 của thế kỷ trước trở lại đây.

Thập niên sáu mươi và đầu bẩy mươi của thế kỷ trước, chặng đường đầu tiên trong sự nghiệp khoa học của ông, là khi đất nước phải tiến hành cuộc kháng chiến chống xâm lược của đế quốc Mỹ. Góp phần trực tiếp vào cuộc chiến đấu này, giới sử học tập trung hướng nghiên cứu vào các vấn đề truyền thống dân tộc, trong đó truyền thống chống ngoại xâm được đặc biệt ưu tiên nhằm động viên, khích lệ tinh thần yêu nước, lòng tự hào và ý chí quyết tâm chiến thắng giặc Mỹ xâm lược. Nhiều công trình về lịch sử kháng chiến chống ngoại xâm thời kỳ cổ trung đại lần lượt ra đời trong thời gian này. Ông cùng Giáo sư Phan Huy Lê viết Khởi nghĩa Lam Sơn (in lần đầu năm 1965, đã tái bản lần nhiều), cùng với Cuộc kháng chiến chống xâm lược Nguyên Mông ở thế kỷ XIII của Hà Văn Tấn và Phạm Thị Tâm, được coi là những cuốn sách tiêu biểu của sử học Việt Nam hiện đại viết về đề tài này. Rồi ông cùng viết Một số trận quyết chiến chiến lược trong lịch sử dân tộc (in lần đầu 1976, tái bản 2004), viết Chiến thắng Bạch Đằng năm 1288 (in lần đầu 1976, tái bản 1979). Cuối thập niên tám mươi thế kỷ trước, ông cùng Bộ môn “cày xới” đất Nghĩa Bình khảo sát về khởi nghĩa Tây Sơn, để rồi là tác giả và đồng tác giả bộ sách bốn tập Tư liệu về Tây Sơn Nguyễn Huệ. Bên cạnh những sách mang tính chuyên khảo, ông còn có một loạt các luận văn về lịch sử kháng chiến chống ngoại xâm đăng trên các tạp chí chuyên ngành. Trong những thành tựu của Khoa Lịch sử, của Bộ môn Lịch sử Việt Nam cổ trung đại, mảng đề tài kháng chiến chống ngoại xâm có thể coi là một thành tựu tiêu biểu, trong đó có đóng góp to lớn của Giáo sư Phan Đại Doãn. 

Sau ngày đất nước thống nhất, ông bắt đầu quan tâm nhiều hơn đến các vấn đề kinh tế - xã hội và tư tưởng - văn hoá. Sức viết của ông cũng từ đây bắt đầu tăng lên không ngừng (tính đến năm 2006, khi Khoa Lịch sử tròn nửa thế kỷ, ông đã công bố 151 công trình, trong đó có tới 140 công trình công bố sau năm 1975). Ông viết rộng, đề cập đến tất cả các lĩnh vực. Ngoài mảng đề tài kháng chiến chống ngoại xâm vẫn được tiếp tục thì mảng đề tài mà ông tập trung nhiều hơn cả, làm nên tên tuổi Phan Đại Doãn trong nước và quốc tế là làng xã. Không bó hẹp trong nghiên cứu truyền thống, ông gắn truyền thống với hiện đại - từ truyền thống soi về hiện đại, giải mã hiện đại. Vì thế mà các công trình của ông có giá trị khoa học và thực tiễn sâu sắc.

Từ đầu những năm 1960 cho đến giữa những năm 1970, là thời kỳ ông chuyên tâm học hỏi, tự tìm, tự bơi, tự xác định phương hướng cho riêng mình giữa biển cả làng xã mênh mông của các vùng xứ Đông, xứ Đoài, xứ Nam, xứ Bắc, xứ Thanh, xứ Nghệ… Loạt bài viết của ông vào những năm 1977, 1978 cũng mới chỉ là những làng chiến đấu trong kháng chiến chống Minh, những làng gốm miền Bắc, những làng khai hoang Kim Sơn, Tiền Hải. Phải đến đầu những năm 1980, ông mới bắt đầu xuất hiện với tư cách là một chuyên gia đích thực về làng xã Việt Nam. Ông dồn tâm dồn sức, thể nghiệm, suy tư, tìm tòi cho mình một lối đi riêng, thật dân dã, chất phác, mà sâu sắc, độc đáo đến bất ngờ. Đây cũng là những năm tháng ông tự hoàn thiện các mô hình lý thuyết với những khái niệm và thuật ngữ khoa học, có thuật ngữ đã trở thành tài sản chung của giới nghiên cứu làng xã Việt Nam và thế giới, mà vẫn còn rất đậm phong cách Phan Đại Doãn. Từ cuối thập kỷ tám mươi và thập kỷ chín mươi của thế kỷ XX, ông viết hối hả, viết như đang chạy đua với thời gian để thể hiện hết mình. Ông “bao sân” từ những vấn đề về lý luận chung, những khái quát mô hình làng Việt cổ truyền cho đến các vấn đề cụ thể. Ông say mê với cơ cấu tổ chức, quản lý, kinh tế, văn hóa làng xã nhưng vẫn không bỏ qua dù chỉ một góc sân riêng. Lúc đầu ông định khoanh phạm vi nghiên cứu của mình ở làng Việt cổ truyền miền Bắc, rồi sau ông mở ra cả khu vực các dân tộc thiểu số ở miền núi, làng xã thời kỳ cận đại và hiện đại, làng xã ở các khu vực miền Trung và miền Nam. Ông trăn trở với những vấn đề hết sức bức xúc của nông thôn, nông nghiệp như lao động, việc làm, phân hóa giàu nghèo, công bằng xã hội, thiết chế dân chủ… Ông đặc biệt quan tâm đến thể chế kinh tế và xã hội nông thôn, cấp thôn bản, bộ máy quyền lực cấp xã, quản lý nông thôn vùng dân tộc thiểu số…

Công trình "Làng xã Việt Nam: Một số vấn đề kinh tế - văn hoá - xã hội" của GS.NGND Phan Đại Doãn được trao Giải thưởng Nhà nước về Khoa học và Công nghệ năm 2005.

Từ những năm 1990, nhiều công trình của Giáo sư Phan Đại Doãn không chỉ có tính tổng kết khoa học cao mà còn có khả năng dẫn dắt nghiên cứu ứng dụng phục vụ cho nhu cầu của cuộc sống thực tiễn… Ông chính là người khai mào, thúc đẩy và góp phần tạo nên sự phát triển vượt bậc của môn học về làng xã Việt Nam ở trong nước và nhiều nước trên thế giới, tính từ đầu những năm 90 của thế kỷ trước trở lại đây.    

Ông cũng viết nhiều về tư tưởng - các vấn đề về Nho giáo, Phật giáo, Đạo giáo, về tín ngưỡng dân gian, nhưng dù gần hay xa cũng đều gắn với làng xã. Và chính bởi xuất phát từ làng xã mà sự luận giải của ông về các vấn đề tư tưởng nêu trên đi đến được bản chất của vấn đề hơn.

Số lượng công trình ấy, những đóng góp đáng trân trọng ấy đủ làm nên một tên tuổi Phan Đại Doãn - nhà khoa học. Công trình Làng xã Việt Nam: Một số vấn đề kinh tế - văn hoá - xã hội của ông đã được tặng Giải thưởng Nhà nước về Khoa học và Công nghệ.   

Nhưng nhà khoa học Phan Đại Doãn không tách rời nhà giáo Phan Đại Doãn. Bao nhiêu năm làm nhà khoa học thì có bấy nhiêu năm ông làm thầy - nghĩa là cho tới khi nhắm mắt xuôi tay cho dù nay sức ông đã yếu đi nhiều. Làm thầy, ông không thuộc nhóm những người có tài hùng biện. Ông “có gì nói ấy” chân chất như người nông dân xứ Nghệ, vậy thôi nhưng vẫn lôi cuốn người nghe, lôi cuốn học trò, bởi chiều sâu của kiến thức và đặc biệt là những chiều cạnh của vấn đề luôn được ông suy ngẫm, mổ xẻ. Vì thế mà học trò theo ông rất đông, từ các cô cậu sinh viên mới năm một năm hai chập chững làm báo cáo khoa học, làm niên luận, đến những sinh viên năm cuối làm khóa luận tốt nghiệp, những người làm thạc sĩ, làm tiến sĩ. Đến ngày trọng bệnh, ông đã hướng dẫn (phần lớn là hướng dẫn chính và độc lập) 20 nghiên cứu sinh bảo vệ thành công luận án Tiến sĩ. Không phải chỉ là những nghiên sinh về Lịch sử Việt Nam hay Lịch sử Việt Nam cổ trung đại, mà thuộc nhiều lĩnh vực của khoa học xã hội và nhân văn. Nhiều người trong số đó nay đã trở thành những nhà khoa học tên tuổi, đảm nhiệm những vị trí quan trọng của các cơ quan nghiên cứu khoa học. Trên 20 Tiến sĩ đã được ông đào tạo, với chất lượng như thế, đời một người làm nhà khoa học - làm thầy mấy ai có được. Đó là kết quả của sức hút trí tuệ - nhưng còn phần quan trọng không kém - là sức hút của nhân cách Phan Đại Doãn. Ông được phong danh hiệu Nhà giáo nhân dân và ông xứng đáng với mọi ý nghĩa của danh hiệu này.

Bộ môn Lịch sử Việt Nam cổ trung đại, nơi ông làm việc từ ngày tốt nghiệp đại học đến lúc nghỉ hưu, là một trong những bộ môn ra đời ngay sau ngày thành lập Khoa Lịch sử, thành lập Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội. Là một cán bộ giảng dạy, ông cần mẫn và trách nhiệm với mọi nhiệm vụ, kể cả những công việc “đoàn thể” -  như công đoàn. Mãi tận tuổi 60 (năm 1996) ông vẫn chẳng nề hà nhận chức Chủ nhiệm Bộ môn khi “tiền nhiệm” - một học trò của ông - lên “chức vụ” cao hơn. Ông đã hết mình. Ông - bằng toàn bộ cuộc đời công tác của mình - đã cống hiến trọn vẹn cho sự nghiệp xây dựng và phát triển của Bộ môn, của Khoa Lịch sử và của Nhà trường.