Tiểu ban 1 với chủ đề “Quan hệ Việt – Nhật trong thời cận hiện đại” được chủ trì bởi GS.TS. Momoki Shiro (ĐH Việt  Nhật); GS. TS Vũ Minh Giang (Trường ĐH KHXH&NV); PGS.TS. Vũ Văn Quân (Trường ĐH KHXH&NV) và GS.TS. Nguyễn Văn Kim (Giám đốc Trung tâm Biển và Hải đảo, Trường ĐH KHXH&NV, ĐHQGHN).
Với tổng số 9 tham luận được trình bày trực tiếp tại hội thảo và theo hình thức online, tiểu ban 1 tập trung vào nghiên cứu nhận thức, sự hỗ trợ trao đổi và hợp tác giáo dục, chuyển giao công nghệ trong thời cận hiện đại. Tại hội thảo, phiên thảo luận và các tham luận cũng đưa ra các quan điểm tích cực về triển vọng hợp tác Việt – Nhật trong thời bình và những kì vọng về sự thắt chặt tình nghĩa hai quốc gia trong tương lai.

Đại sứ đặc mệnh toàn quyền Nhật Bản tại Việt Nam YAMADA Takio nhấn mạnh: “Quan hệ Việt Nam – Nhật Bản hiện nay có thể nói tốt đẹp nhất từ trước đến nay. Quan hệ ấy đã có truyền thống lịch sử lâu đời từ thời cổ trung đại. Và năm 1973 hai nước đã chính thức kí kết văn bản ngoại giao, thiết lập mối quan hệ giữa hai nước, đến nay đã tròn 50 năm. Đây là mốc rất quan trọng, cả hai nước tiến hành nhiều hoạt động để kỉ niệm sự kiện này. Tôi đánh giá rất cao ý nghĩa của Hội thảo khoa học quốc tế ngày hôm nay được tổ chức với sự phối hợp chặt chẽ giữa các chuyên gia của Việt Nam và Nhật Bản. Hội thảo được tổ chức như một minh chứng cho mối quan hệ tốt đẹp đó, đồng thời góp phần mở ra một thời kì phát triển mới trong lĩnh vực nghiên cứu về lịch sử, văn hóa và hoạt động giáo dục giữa hai nước Việt Nam và Nhật Bản."

Tiểu ban 2: “Quan hệ Việt - Nhật trong thời kỳ tiền cận đại”
Ban chủ trì tiểu ban 2 có sự tham dự của GS.TS. Furuta Motoo ( Hiệu trưởng trường ĐH Việt Nhật); GS.TS. Nguyễn Văn Kim (Giám đốc Trung tâm Biển và Hải đảo, Trường ĐH KHXH&NV, ĐHQGHN); GS.TS. Momoki Shiro (ĐH Việt  Nhật), PGS.TS. Phạm Thị Thu Giang (ĐH Việt Nhật) cùng nhiều giảng viên, nhà khoa học, nghiên cứu sinh và sinh viên đến từ nhiều trường ĐH và viện nghiên cứu trên cả nước.