Trong hơn 20 năm trở lại đây, các hoạt động hợp tác quốc tế luôn được đẩy mạnh trên nhiều lĩnh vực đào tạo và học thuật: nghiên cứu khu vực học; tổ chức tọa đàm, hội thảo quốc tế, xuất bản... Bên cạnh việc duy trì quan hệ hợp tác với Trung Quốc, Liên bang Nga và các nước Đông Âu, Khoa Lịch sử là một trong những cơ sở đi đầu trong quan hệ hợp tác với các nước phương Tây, Nhật Bản, các nước Đông Nam Á. Trong những năm 1990, Đề tài VH26 là đề tài khoa học xã hội duy nhất của Bộ Giáo dục và Đào tạo hợp tác với Hà Lan không chỉ đào tạo cho Khoa một số chuyên gia, cung cấp thêm nhiều máy móc, thiết bị mà còn tạo cho giới khoa học thuộc Khoa nhiều cơ hội tiếp xúc với thế giới Âu, Mỹ. Mỗi năm, Khoa Lịch sử có hàng chục lư­ợt cán bộ được cử đi học tập (dài hạn, ngắn hạn) và đi trao đổi khoa học ở nước ngoài. Nhiều cán bộ trong Khoa đã được các quỹ học bổng tài trợ cho các chương trình nghiên cứu khoa học và đào tạo nâng cao trình độ. Nhiều người được nhận các học vị tiến sĩ, thạc sĩ ở các nước Phương Tây, Bắc Mỹ, Australia...
Đồng thời, Khoa Lịch sử cũng đã từng đón hàng trăm chuyên gia từ các nước Hà Lan, Pháp, Đức, Anh, Italia, Na Uy, Thụy Điển, Nga, Ucraina, Trung Quốc, Thái Lan, Australia, Singapore, Nhật Bản, Hàn Quốc, Mỹ, Canada, Lào, Indonesia... đến làm việc theo các chương trình hợp tác. Nhiều nghiên cứu sinh, thực tập sinh, học viên cao học và sinh viên Hàn Quốc, Nhật Bản, Lào, Mỹ, Australia, Hà Lan, Singapore, Thái Lan, Nga, Ucraina, Pháp đã chọn Khoa Lịch sử làm nơi tu nghiệp, trong đó hơn chục người đã được nhận học vị Tiến sĩ, Thạc sĩ.
Cán bộ Khoa Lịch sử đã tham gia nhiều hội nghị, hội thảo khoa học ở nước ngoài và trực tiếp tổ chức các hội thảo khoa học quốc tế lớn ở trong nước như­ hội thảo về phố cổ Hội An, Phố Hiến, về Hà Nội cổ truyền, về Bách Cốc (Nam Định), về quan hệ giao lư­u gốm sứ, về Việt Nam học, Việt Nam trong thế kỷ XX, về quá trình khai thác và xác lập chủ quyền trên vùng đất phương Nam, về 50 năm chiến thắng Điện Biên Phủ, 30 năm chiến tranh Việt Nam, 100 nghiên cứu khoa học xã hội và nhân văn, 100 phong trào Đông Du, 50 năm quan hệ Việt Nam – Nhật Bản, Tiếp cận đa ngành trong nghiên cứu lịch sử và quan hệ quốc tế từ góc nhìn của giới sử học Việt Nam và Pháp, Lịch sử và giao lưu văn hoá Việt Nam – Hàn Quốc....
Hiện nay, Khoa Lịch sử đang duy trì quan hệ với trên 50 trung tâm đào tạo và nghiên cứu quốc tế: các trường đại học California Fullerton, California Berkeley, Montana, Princeto, Texas, Hawaii, Ohio (Hoa Kỳ); Đại học Toronto (Canada); Đại học Quốc gia Australia, Monash, Queensland (Australia); Đại học Leiden, Amsterdam (Hà Lan); Đại học Humboldt, Passau, Frankfurt, Konstanz, Giessen, Greifswald, Viện Khảo cổ học Cộng hòa Liên bang Đức (Đức); Đại học Paris 1 Panthéon-Sorbonne, Paris VII (Trường Đại học Paris Diderot), Viện Lịch sử Quân sự thuộc Bộ Quốc phòng Pháp (Pháp); Đại học Quốc gia Auckland (New Zealand); Đại học Quốc gia Singapore, Viện Nghiên cứu Đông Nam Á (Singapore); Đại học Quốc gia Tokyo, Osaka, Hiroshima, Kansai, Chiêu Hòa, Kanazawa… (Nhật Bản); Đại học Quốc gia Seoul, Inha (Hàn Quốc); Đại học Bắc Kinh, Cát Lâm, Trung Sơn, Hạ Môn (Trung Quốc); Đại học Thành Công, Hoa Liên (Đài Loan), Đại học quốc gia Indonesia, Đại học Gadjah Mada, Indonesia, Đại học quốc gia Philippines…